فى عام 2020، ومع اجتياح جائحة كورونا للعالم، واجه البابا تواضروس الثانى تحدياً استثنائياً، إذ كانت الكنيسة أمام أزمة غير مسبوقة، تهدد حياة الملايين وتفرض قيوداً على الجميع، بما فى ذلك الكنائس نفسها، بقرارات حكيمة يغلفها المحبة والأبوة قاد البابا الكنيسة إلى بر الأمان، واتخذ قرارات تاريخية لم تشهدها الكنيسة منذ قرون، محاولاً حماية شعبه والعبور بهذه الأزمة.

فى مارس من هذا العام، قررت اللجنة الدائمة للمجمع المقدس، برئاسة البابا تواضروس، إغلاق جميع الكنائس وإيقاف القداسات والخدمات الطقسية، والاكتفاء بجنازات مقتصرة على أسرة المتوفى، مع تخصيص كنيسة واحدة فى كل إيبارشية للجنازات، أُغلقت قاعات العزاء، وتوقف التعليم فى جميع المعاهد والكليات اللاهوتية، وامتدت القيود لتشمل زيارات الأديرة حفاظاً على صحة الجميع، ولأن التواصل مع الأقباط كان أساسياً، واظب البابا على إلقاء عظاته وحيداً، ليمد أبناء الكنيسة بالقوة والأمل رغم غيابهم عن المشهد.

لكن الكنيسة لم تتوقف، فكان عليها أن تواكب العصر فى ظروف الجائحة، وبتشجيع البابا تحولت الأنشطة إلى العالم الرقمى، فاستمرت مدارس الأحد والخدمات التعليمية عبر الإنترنت، كما شجع البابا الجميع على «الخدمة أونلاين»، لتصبح الكنيسة حاضرةً رغم البُعد، ومع بداية أغسطس بدأ الأمل بالعودة التدريجية للقداسات.

وفى لفتة خاصة، أطلق البابا قناة «كوجى» للأطفال، ليشعر الأطفال بأن الكنيسة قريبة منهم.

كما وقّع البابا تواضروس اتفاقية تعاون مع بنك ناصر الاجتماعى ضمن مشروع «بنت الملك»، الذى يهدف إلى توفير احتياجات الفتيات القاصرات عبر دفاتر توفير تساعدهن عند بلوغهن سن الزواج وأطلق أيضاً قناة رقمية جديدة «COC» فى 18 نوفمبر، لتكون الكنيسة حاضرة إلكترونياً ومواكبةً للعصر الرقمى.